在远古的时代，宇宙中存在着分别代表光明与黑暗的两个文明，正如光与影永远是相互矛盾的，两个文明也长年处于战争之中，代表黑暗的文明为了取得胜利，就制造了一种高科技的战舰，这种战舰拥有超强的作战能力及穿越时空的能力，而且，还拥有自己的思想。然而，这种战舰却会把驾驶者作为自己的食粮，以此来增强自己的力量。这种黑色的战舰就像魔鬼一样，会把敌人彻底毁灭，但同时也会吞噬驾驶员的生命。而在同一时间，为了对抗敌人的黑色战舰，代表光明的文明也创造了一艘白色战舰与黑色战舰抗衡。后来，两个文明都原因不明地消失了，而那些战舰却依然存在在宇宙的某个角落里，新时代的人为他们起了个名字——遗失战舰（LostShips）

由于将精神力变换为能量的[精神物理学]的发达，产生了超越光速技术的遥远未来。主人公凯恩驾驶着从奶奶那里继承的飞天一号（凯恩·布利德/kane）在这个孤寂黑暗的宇宙里解决着发生的各种各样的事故，这种工作称之为“麻烦终结者”（TROUBLE CONTRACTOR简称T.C）。

故事讲述了拥有遗失战舰的”麻烦终结者“主角凯恩和船上的智能立体AI凯娜儿在解决一起违法文物拍卖时遇见了立志成为”宇宙第一侦探“的少女米莉。米莉是一个直率大胆又有些粗心的侦探，立志要成为宇宙第一。但她却总是因为各种原因与世界第一失之交臂。在独自调查非法文物拍卖会是与凯恩相遇。本毫无关系的三人却因为种种巧合相互结识并成为了同一艘战舰上的“住户”。就在他们解决宇宙中各种委托和任务时，一个名为”恶梦“的组织正进行着神秘的计划，而秘密的核心就和早已失落的遗失战舰有关。“恶梦”要把恐惧播撒到整个宇宙，并给人们带去绝望。为了阻止“恶梦”，也是为了自己，凯恩注定要与组织展开斗争。随着事件的深入凯恩逐渐明白了事情的真相，也明白做出决定的时候就要到了……