功夫熊猫2全集讲述了终于当上了“神龙大侠”的熊猫阿宝可谓过上了梦想中的日子，他和师傅以及盖世五侠——虎、鹤、螳螂、蛇和猴子——保卫着山谷中宁静的生活。但是，好时光不长，阿宝面临着一次新的、更加可怕的挑战，一个大恶人孔雀“Lord Shen”拥有了一件秘密、强悍的武器，他妄图毁灭功夫、征服中国！ 此时，正是阿宝与盖世五侠穿越中国，正式迎接挑战的时候了，但是，阿宝将怎样对抗一个能“毁灭功夫”的武器？他必须回顾他的过去，并且揭开自己身世之谜，只有到那时，他才能释放体内的力量、从而获得胜利

  凤凰城自古以来由孔雀一族掌管，因为他们发明了美丽的烟火，给人们带来了快乐。然而，凤凰城的继承人沈王爷却不满足于这些——他发现了火药的威力，并且野心勃勃。他的父母知晓儿子的状况后，十分担忧，请来羊仙姑（神棍）为沈王爷算上一卦。羊仙姑预言：如果再这样下去，沈王爷迟早会惹大祸，而在那时，会有一名黑白相间的武士打倒他。不想这些话被沈王爷听了去，他当下决定灭掉，率领一帮野狼捣毁了村庄，赶尽杀绝大熊猫。而这一行动却恰好印证了他的宿命。——沈王爷的父亲为了他的未来，将他驱逐。　　被赶走的沈王爷临行前撂下狠话：他一定会再回来，届时称霸中原。说到这里，主人公阿宝的身世也就呼之欲出了——沈王爷灭掉的村庄，正是阿宝的故乡。

  阿宝的母亲为了救他，在逃跑途中把他装到菜筐里，小阿宝看着妈妈嘴里咿咿呀呀的哼唧着想哭出来，“嘘”，妈妈亲了小阿宝的额头一口，小阿宝眼泪在眼眶打转，怯生生地轻轻地叫了一声妈，妈妈怕坏人看到小阿宝，引开了敌人，结果那只装满萝卜的菜筐一路颠簸，幸运地被运到了开面馆的鹅老爹手里。

  若干年后，沈王爷不负众望，造出了毁灭功夫的火炮（就是一般的大炮），前来复仇。将攻门市的首领一炮轰死后，沈王爷相当于占领了攻门市。若干年后，阿宝也不负众望，成为了神龙武士，在懵懵懂懂的情况下，前来阻止王爷，阿宝和虎、蛇、猴、鹤、螳螂“盖世五侠”潜入凤凰城，结果遭遇狼守卫的追击，两方展开了一场追逐戏令人欣慰的是，阿宝最后与鹅老爹的拥抱，阿宝还是爱自己的老爹。结尾时，阿宝真正的父亲亮了一下相，可能是给下一步做出铺垫。