正义联盟:毁灭全集故事讲述了在夜深人静时，罪恶同花顺利用全新的技术闯入银行抢劫名贵钻石，结果一番激战被蝙蝠侠、超人、神奇女侠、绿灯侠、火星猎人、闪电侠组成的正义联盟一网打尽，而关于先进技术的来源正义联盟却始终找不到线索。与此同时，豹女、镜子大师、星蓝石等大反派遇到了神秘的旺达尔·萨维奇。萨维奇已经活了八万多年，他曾多次成为名垂青史的统治者。如今他希望毁灭并统治世界，而正义联盟无疑是挡在他面前最大的阻碍。他找来这群反派组成毁灭联盟，向正义联盟发起新一轮的挑战。

紧随其后，蝙蝠侠、超人、神奇女侠、绿灯侠、火星猎人、闪电侠都遭受到了针对其各自弱点的攻击，正义联盟队伍一时瘫痪，无法完成保护世界的任务。在朋友的帮助下，大家逐渐摆脱了危机，并最终与旺达尔·萨维奇展开决战。当一切尘埃落定，大家不由得反思，敌人是如何得知所有人的弱点的？隐藏在联盟中秘密监视所有成员并制定攻击计划的，又是谁呢？他究竟目的何在……