神之谜题第三季，在Orpheus Order的战斗后，新的对手莱赛尔登场。围绕着曾经挑战“神之谜题”的真方仁展开，由于真方仁和毕达哥拉斯伯爵的对战导致失去了心智。目前的仁只恢复了意识，记忆仍然缺失，为了寻找仁的记忆，以及真实的仁。大门界人和同伴遭遇了同样与仁过去有关的女孩莱赛尔。为了寻找心目中的真实的仁，展开了新一轮的谜题较量，期间还有神秘组织Master Brain及它的统领艾尼格玛幕后推动，真相到底是什么呢？