《饿狼3》的主线剧情便是争夺《秦之秘传书》，而博加德兄弟与吉斯的仇恨在本作只是分支剧情。

经历了与暗黑帝王克劳萨的战斗之后，身心疲惫的特瑞，安迪还未来得及休整，一个更大的阴谋就已经开始了。这便是围绕争夺《秦之秘传书》所展开的全新的剧情。 吉斯早在少年时代就已经得知克劳萨家族有一本祖传的武学秘籍《秦之秘传书》。为了令自己更强，吉斯非常想把这本书据为己有。于是在《饿狼1》事件之后，吉斯放出自己死亡的消息，令特瑞和克劳萨都放松了对吉斯组织的警惕，因为毕竟群龙已无首，不会再有更大的威胁了。但吉斯高明之处就在这里，趁着博加德兄弟与克劳萨大战的机会，派自己的忠实属下比利·凯恩(Billy Kane)潜入克劳萨组织的内部，并且成功地偷走了《秦之秘传书第二卷》。这样，加上此前吉斯杀死杰夫时抢到的八极圣拳代代相传的第一卷秘传书《秦之秘传书》，吉斯三卷已有其二了。随着拥有第三卷的秦氏兄弟的出场，争夺《秦之秘传书》的战斗不可避免地开始了。