在以把“超能力开发”作为一切重心的学园都市中，名为上条当麻的少年，虽然没有开发出自己的超能力，但是却拥有能消除一切异能之力的右手。不过，因为他的这只右手，似乎把好运也当做是异能之力给消除掉的缘故，上条当麻一直遭遇各种不幸。

暑假的某一天，去阳台晒被子的当麻发现自己的阳台上挂着一只白袍修女，而这名自称掌握了十万三千本究极魔导书的修女茵蒂克丝，将当麻带入了名为“魔法”的世界，从此，介于“科学”与“魔法”之间的上条当麻也被卷入了两大阵营的对抗之中……