与现实略有不同的地球。地球正遭受来自“红之世界”的侵略者【Nightfly ONote】的威胁。人类为了与之对抗，而设立了对相位外防卫机关【LAG】，并组成对Nightfly ONote战斗单位【Scared Rider】，即使在过去的五次战斗中重蹈全灭的覆辙，依然继续战斗着。
不久之后，一名少女麻黄明以教官兼指挥官的身份前往LAG赴任，刚一到任，停止的Nightfly ONote侵袭再度开始了。第六战斗单位【Scared Rider Xechs】的成员们，为了与明一同守护世界，而投身于战场。这是她与少年们的爱与友情与战斗的物语。