《ToHeart2》的故事情节是发生在《To Heart》一代的两年之后的同一所高中里，几乎所有的角色都是新登场的，只有姬百合姐妹在上一代的相关动画《To Heart ~Remember My Memories~》中登场过。

贵明，一个高中一年级的男生，父母决定公派出国，家里只留下了他一个人。他的妈妈拜托住在隔壁的青梅竹马木实照顾他。贵明有女生恐惧症，不擅长和女生交往，但不恐惧青梅竹马的木实和环。温柔的他遇到了很多美丽善良的女孩，与她们共创了美好的记忆。