《玛德莱克丝》（MADLAX）与BEE TRAIN较早之前的作品《NOIR》、后作《魔女猎人》三者并称为“美少女枪战三部曲”。

故事围绕着两位表面上看来没有共同点也互不了解对方存在的年轻女性展开。女主角玛德莱克丝是一名活跃于内战中的国家盖萨索尼卡(Gazth-Sonika)里的传奇的雇佣兵和暗杀特务；另一位女主角玛格丽特・巴顿，则是宁静的欧洲国家那芙勒斯一个富裕贵族家庭的唯一继承人。在故事开篇的12年前，玛格丽特和她的母亲乘坐的飞机在盖萨索尼卡坠毁。那次事件之后，飞机上的乘客以及担任救援人员指挥工作的玛格丽特的父亲一直行踪不明。独自一人回到了那芙列斯的玛格丽特，失去了全部的记忆，唯一能回想起的只有“玛德莱克丝”这个词。

居住的环境与性格截然不同的两名少女，为了追寻真相而踏上了各自的旅程，在与庞大的犯罪集团“安纺”的周旋中，两个人的命运渐渐开始交集。