21世纪初的日本，原因不明的地壳变动使以横滨为中心，半径30公里的区域突然隆起，它从此以后被称为“Lost Ground”。由于日本政府在此地实行的街道复兴计划，使这个地方成为特殊的二层社会，这里的人被划分为住在复兴地区的“inner”和住在崩坏地区的“outer”，而不久之后在Lost Ground出生的人开始拥有一种叫“Alter”的超能力，他们以这种能力不断进行暴力和掠夺行为，人们都称他们为“Alter能力者”。为此，Lost Ground的警察机关内成立了一支以同样拥有Alter能力的人为成员的部队“HOLY”，以应对事态。在这样的背景下，在崩坏地区成长的Alter能力者カズマ与HOLY所属的Alter能力者刘凤相遇了，故事也由此展开。

因为所属的地方不同，数马是一个为了钱而生活的人，以自己的超能力来为自己获得金钱，从而满足自己的生活，另一方面，刘凤是一个为了找寻Alter结晶体，为自己的母亲报仇而加入HOLY的人。HOLY是由阿尔达超能力者组成的警察部队，为了保护没有超能力的人、制止超能力犯罪而设立，所以HOLY的人会捕捉周围土生的超能力者。如此对立的两人，展开了互相追捕与战斗的关系。