第三次的圣杯战争，依然如期在核平的冬木市举行，但是恰逢二次大战，冬木的大圣杯核心，被借助了德军力量的尤格多米雷尼亚一族夺走了。

而圣杯的秘密也被暴露在了世人眼中，亚种的圣杯战争，如雨后春笋般在世界各地举行。但是，没有大圣杯的核心，这些圣杯战争并不完整。

又经过了数十年，昔日夺走了圣杯的尤格多米雷尼亚一族，宣誓要脱离时钟塔。被打了脸的时钟塔派出了精英的执行者，但却被对方召唤出的从者——弗拉德三世，轻易的解决掉了。

而能够对抗从者的，只有从者（卫宫巨侠笑而不语）。

圣杯战争的规则被变更了，红方对黑方，7V7，空前绝后——圣杯大战爆发了。