U.C.0096，“拉普拉斯之盒”事件结束后，地球联邦政府再次因“精神感应骨架”的存在感受到的威胁。

为了解决其中的秘密，为了预防下坠的精神感应骨架的影响派遣了AXIS调查队进行调查。调查队成员中Arlette和Danton，作为专业技术人员和实验驾驶员，吉翁公国、新吉翁士官的二人以平民身份混迹其中。

AXIS潜入した调査队は、在一个人都没有的基地内遭到新型“敢达”的攻击。紧接着Arlette和Danton，遭遇到难以想象的事情