钢之炼金术师剧场版共有03年版TV动画相关剧场版《钢之炼金术师：香巴拉的征服者》和09年版TV动画相关剧场版《钢之炼金术师：叹息之丘的圣星》，剧情与荒川弘原作的漫画《钢之炼金术师》无关联。

《钢之炼金术师：香巴拉的征服者》剧情延续03年TV动画，爱德华开始生活在现实世界的德国慕尼黑，为了回到炼金世界而做着各种努力，然而2年过去了仍无成果。某日他遇到了能通过触碰了解别人内心与想法的吉普赛女性“诺雅”，并被卷入了纳粹外围组织”极北之地协会“连接“炼金术世界”和“现实世界”的计划。

《钢之炼金术师：叹息之丘的圣星》是09年版《钢之炼金术师》的衍生剧场版，故事舞台为亚美斯多利斯和古雷达交界的小镇米洛斯。主角爱德华·艾尔利克与其弟弟阿尔方斯·艾尔利克来到亚美斯多利斯中央首都，在那里遇到了双手有炼成阵的越狱犯梅尔宾·波贾，他所使出的炼成阵使爱德华觉得有找回身体的线索，便追着他留下的踪迹坐上了前往特普市的火车，之后来到叹息之丘米洛斯。