太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。到神海岛度假游玩的柯南一行人遇到了一群来寻找财宝的探险人“treasure追求者”。他们中间笼罩着一种非常诡异的气氛。其中一人被鲨鱼袭击死亡引出了一连串的杀人事件，为了探求真相，柯南和灰原一起展开了调查。这次的舞台是太平洋上的孤岛，柯南等人毫不意外的又被卷入了奇异的杀人事件中。关于本次的标题《蔚蓝色的海盗旗》尚难以得出明确的解释，不过熟悉金田一的读者应该记得金田一有一部OVA名为《杀戮之绀碧岛》，关于这个岛屿有一段解释大家可以用来参考：“绀碧岛虽然小，但在冲绳群岛中却有一段古老的历史。在八重山诸岛洗传的神话里，绀碧岛上曾经住著许多神仙。昭和初期时代，所有岛上出生的人都要接受圣岛独特的洗礼，所以就算短时间离岛就学和就业，最后都一定会再回到岛上。并且绀碧岛海底也有一座神殿。”从绀碧岛的传说来看与神海岛有着部分雷同之处。标题中的“绀碧”一词应该是指代神海岛。