Marvel与日本动画公司MAD HOUSE展开跨国合作，逐一推出以旗下英雄漫画系列中的登场人物为中心的动画版。这次的动画化并非单纯的改编，而是在Marvel当初设计的角色原型基础上，全新塑造故事内容的日本式动画!

故事发生在琴·葛蕾（Jean Grey）死后一年，X战警组织也已经解散。不过此时，却突然传出日本东北部一位突变的中学女生一木久子（Hisako Ichiki）失踪的消息。在X教授的召集下，X战警来到日本，与这儿他们将与U-Men组织展开较量。