《攻壳机动队2：无罪》是《攻壳机动队》的第二部电影动画。

2032年，也就是第一部故事的三年之后。光电、纳米、机械、生物、网络依然迅猛发展，唯有人类的安危更值得关注。

自从人脑可经连线直接接入网络，这种尖端科技带来生活质量提升的同时，伴随着的负面效应越来越危急可怕。网络犯罪只是其中孳生出的一个不可校正的怪胎。为了应对这种不断制造事端的阴暗势力，以保护国家要人、揭发贪污渎职、执行秘密暗杀行动、对付电脑犯罪和恐怖主义活动为目的，具备超强攻击能力的机动部队公安九课俗称“攻壳机动队”，再度出击，并担负着愈发沉重的责任。而这其中，公安九课的刑警巴特（大冢明夫配音）作为主力干将依旧充当着急先锋的角色。

巴特是个半机械人，除去大脑中些微的人类痕迹以外，他身体的绝大部分都是由人造机械组成，而这并不妨碍他以一颗正义之心维护网际社会的正常秩序。某日，一个女性玩偶型机器人突然不受控制，杀死了自己的主人。这一违背常伦的凶杀案包含着人类与玩偶间不容忽视的矛盾基因，巴特及其搭档在历经了犯罪集团的劫杀、电脑黑客的攻击、政府官僚的阻挠等等困难后逐步接近了一个不为人知的犯罪漩涡之中，那摇摆不定的真相仿佛就在眼前。