ZEGAPAIN机器人-主角是快活的游泳少年，他在千叶舞浜近郊的高中上学，是个忙碌于恋爱和友情的普通高中生。但是，有一天在神秘的转学生津乃的引导下，被卷入了异世界的巨大机器人的战斗中。于反复的战斗中怀抱着各种疑问，并且苦恼著的京，为了保护自己与同伴而挺身投入战斗之中……

未来世界，人类被未知病毒“毒蛇”所杀死，人类全部灭绝，没有被“毒蛇”杀死的人被转换成了量子数据，并把所有数据资料转移到了分散于世界各地的量子服务器，并生活在量子计算机中的虚拟世界，真实世界被名为“世界蛇”的东西所控制，并不断建造实验场破坏地球，在虚拟世界中，有一些人会发现自己是生活在虚拟世界中，称为“引导者”，“引导者”的目标就是为了把所有数据化的人类重新还原到现实世界，成为引导者后，会被传送到“海神号”，成为“枪手”或“术士”并和“世界蛇”对抗。