《天保异闻 妖奇士》故事发生在天保14年的江户。当时在老中水野忠邦实施的财政紧缩政策之下的老百姓生活在极度困扃中。国内政府的压迫，加上外国殖民者入侵的威胁，在江户的大街小巷中弥漫着一种不安的气氛。在不为世人所知的地下，存在着一个秘密的神社。这个神社表面上对外称是对外国传入的学术文化进行研究调查的『蛮社改所』，而实际上则是专门对付各国潜入日本的『妖夷』，并负责将他们秘密抹杀的政府隐蔽机关。　　该组织的头目名为小笠原放三郎，是个醉心于“兰学”，并极力证明其实用性的学者。然而却不得不听从南町奉行?鸟居耀藏的差遣。小笠原虽然没有了得的身手，但却与有着能将汉字中蕴藏的不可思议力量“汉神”诱导而出并具现化的高超能力的“妖奇士”龙导往压等人承担着暗中保护江户的职责。　　故事展开的天保年间正是德川幕府“锁国”政策与外国势利用武力敲开日本国门德企图两者矛盾正深的时候。日本国内庶民食不果腹，底层武士阶级进一步没落，社会动荡，民不聊生。但同时通过各种渠道传入的西方文化，又对上至将军家老，下至平民百姓的社会生活产生了极大的冲击。本片中所提及的『妖夷』并非传统意义上的“化物”和“妖魔”，而很多是根据日本民众对西方文化一知半解，然后与民俗传说融合衍生出的产物。