舞台设定在了地球以外的其他星球。人们把自己所在的星球称为“大空陆”。在那里，人类一出生就必须以“女性”的身份生活。等到17岁的时候，到“泉”那里，选择性别而成为"大人"。为了夺取主人公等所在的宫国所持有的珍贵引擎“ヘリカル.モ?トリス ”(海螺引擎)，邻国开始了日益激烈的侵略。为了迎击敌国，宫国被迫将仪式用复座式飞行艇“Simoun”改造成了战斗用战舰。并且派遣未性别化的“巫女”担任驾驶员，于是，她们成为了被称为Simoun小队的战斗小队成员。操纵“Simoun”的少数少女被称为了“シム?ン.シヴュラ （西蒙.西贝拉）”。因为驾驶Simoun的驾驶员不可以去"泉"，必须是没有性别化的少女。所以，她们拥有延后自己成为大人的时间的权利。但，随着战争的爆发，本来用于祈祷的Simoun被用作了战争用途，她们的优秀才能不得不运用在"不正当的用途"上。只要战争还在继续，她们就不能舍弃少女的这个身份而继续战斗下去。她们是为了继续“少女”的身份而战斗呢，还是因为战争而不得不战斗呢？