魔卡少女樱故事讲述10岁的木之本樱（小樱）打开了她父亲所研究的魔法书，意外把有魔法力量的库洛牌释放。由于她把库洛牌弄失了，要负责寻回，于是看守库洛牌的守护兽基路比罗斯，便给予小樱封印之杖，任命她为“Card Captor”，陪同并帮助小樱寻找回库洛牌。
随后的故事，围绕着小樱寻找和收服库洛牌的经历而发展。在库洛牌收服完后，通过了身为审判者的月之考验，成为库洛牌的新主人。?泽更引发不可思议的事件，让小樱将库洛牌转换为樱之咭，也避免了库洛牌魔力流失的危机。
除了透过寻找、使用库洛牌的经历，开启了一个幻想世界外，故事也描划角色间对身边人的爱，由友爱、家人的爱至恋爱亦包含其中，“没有想伤害别人的人”之世界则是故事的基本舞台。这本著作和CLAMP其他著作最大的不同点在于“没有流血的画面”。
在卡通中的纯净的世界里到处都是善良、友爱，在当今或灰色严肃或血腥凄凉的动漫界，纯净、可爱、幸福的小女孩小樱的形象得到了不同年龄层次的少男少女们的喜爱。片中的主人公小樱算得上是一位真正的"美少女"，绿盈盈的大眼睛配之以优美的发式，再加上每一集小樱所着的不同服饰俨然象是出自某位著名服装设计师之手，形象百变，难怪她被称为“百变小樱”。