公元1908年，俄国西伯利亚通古斯地区发生了一场人类史上空前的大爆炸，没有人知道那其实是一颗含有神秘能源的陨石撞击地球所致。因为该陨石已在神秘能量的动力作用下，消失得无影无踪……然而，陨石的残片仍有少量留在地球上，并且终于被科学家真田博士所获得。在研究中，真田博士发现这种神秘的能量具有进化和成长的特性，并制造出用该能量驱动的巨型机器人“战国魔神”，以对抗一个名叫“黑星帝国”的秘密军事联盟称霸世界的野心。然而没等到战国魔神登场，博士便被黑星帝国袭击身亡。博士之子，真田健太从此被战国魔神小队所保护，与三位战国魔神驾驶员——北条真吾、莉蜜岛田、基利一同成长，随着时光流逝，健太认识到自己可能是陨星能源选中的新人类…… 战国魔神小队驾驶着使用陨石能源驱动的战国魔神，为保护掌握着该能源技术关键的博士之子真田健展开了战斗。