新世纪福音战士破全集动画片讲述的是在公元2000年，南极发生了大爆炸，冰封的大陆在一瞬间融化，引起世界海洋水位上涨甚至海啸，淹没了地球上的很大一部分陆地，随后，内战、民族纷争、自然灾害接踵而来，人类因此灭亡了一半。这次灾难被称为“第二次冲击”（The Second Impact)。在圣经《创世纪》记载中，神用洪水毁灭一切生物，只是指示挪亚制造方舟带上一家人和地球上的部分生物以重建家园，这被称为“第一次冲击”。

联合国对外界说是外星来的巨大陨石撞击，其实是葛城探险队在南极意外地发现了亚当（第一使徒）的胚胎，结果因故发生大爆炸。在TV版和剧场版中没有对此作完整的说明，TV版中讲到在南极出现的与EVA非常相似的“光之巨人”（第二使徒）是造成爆炸的原因，还有后来的南极爆炸时出现的巨大天使翅膀。在剧场版中出现了光之巨人失控展开两对翅膀发生大爆炸的画面。

发生这件事后，人们发现这些都和本世纪初在死海发现的神秘卷轴所记载的故事惊人地吻合，加上圣经中有关于最后审判日的预言、亚当的发现，都表明存在着“神”。在犹太教教义中，伊甸园中不只有亚当和夏娃，还有一个女神Lilith由于三角关系被逐出伊甸园，到地上和魔鬼撒旦生下了人类Lilin，而亚当的子孙就是“使徒”在死海卷轴中讲到人类最终要进化成为单体生物回归Lilith（第三次冲击），于是一个神秘组织因此建立，名为Seele，下有人工进化研究所、人类补完委员会等机构，从事亚当的研究，终于在2004年前成功地从亚当复制成功了人造的“神”------EVA，也就是德语的夏娃，用于收集人的灵魂。

正在某大学生物系任教的冬月发现自己的一名学生碇唯在生物方面很有天才，便对其产生了兴趣，也注意到了一个人：唯的丈夫碇元度。其实唯是Seele的人，他们在进行一项人类进化的“人类补完计划”，这几人成了Nerv最初的成员，《新世纪福音战士》的故事也由此开始。