《樱花大战》讲述了公元20世纪初，东京的地下黑暗势力“黑之巢会”开始复苏，巢会妖僧天海率领着四大黑暗天王，操纵着利用古代咒语生成的魔物--魔操机兵，在东京开始了大肆的破坏，扬言统治全世界。为了对抗这些黑势力，打击黑之巢会的猖獗活动，以东京为中心进行对降魔迎击作战的帝国华击团·花组（由6名超能力少女组 成），秘密驾驶着光武开始了讨伐黑暗之战…。

由于队员间缺乏沟通。战斗虽然勉强能打赢，但总是不够理想。于是在太正12年的4月1日，新从海军士官学校毕业的大神一郎少尉被分配到帝国华击团花组，担任队长职务。在接头地点的上野公园，一颗浪漫的樱花树下，我们的主人公遇到了影响他一生的人......